След като през предходния сезон титлата бе спечелена буквално в последния кръг, а и Лудогорец за пръв път не излезе от групи на Лига Европа, ръководството на клуба направи много сериозна селекция. В сила влезе договорът на Мавис Чибота, който бе взет още през февруари 2019 година от Бней Йехуда. По това време той беше голмайстор на израелското първенство. От Обетованата земя пристигна и Дан Битон, а от френския Гинган дойде бекът Жордан Икоко. Но това не беше всичко – от френския гранд Сент Етиен бе купено крилото Жоржиньо, който бе познат у нас с изявите си за ЦСКА София, а от Бурсаспор в Разград акостира сенегалският халф Стефан Баджи. Напуснаха левият бек Натанаел, който отиде в Интернасионал Порто Алегре, както и поливалентният Лукас Саша, парафирал с Арис Солун.
Стойчо Стоев бе оставен за треньор, но имаше промяна в неговия щаб, като от Етър Велико Търново бе привлечен Станислав Генчев. Бивш капитан на отбора, който беше помощник във Велико Търново, а и в националния отбор на легендата Красимир Балъков. Логично сезонът започна с мач за Суперкупата – срещу носителя на Купата на България Локомотив Пловдив. Мачът, игран на „Васил Левски“ на 3 юли 2019 година, завърши 2:0 за шампионите след попадения на Мавис Чибота и Джоди Лукоки. Това бе четвъртата Суперкупа за „орлите“ и по този начин те се изравниха с ЦСКА София на върха по спечелването на този трофей у нас, като изпревариха Левски София, който е с 3 суперкупи.
Първият двубой от efbet Лига бе домакинство на Царско село. Срещата обаче се игра на стадион „Ивайло“, защото тревното покритие на „Лудогорец Арена“ бе подменено. Иначе „орлите“ победиха с 2:0. Последваха успехи над Берое в Стара Загора с 4:2 и над Витоша Бистрица с 2:0, преди в 4-ия кръг отборът да загуби първи точки. Става дума за равенство 1:1 с Локомотив в Пловдив. След това „зелените“ не успяха да победят и ЦСКА София в Разград – 0:0. В 6-ия кръг Лудогорец се върна на победния път, надделявайки над Черно море на „Тича“ с 2:1, преди на 25 август 2019 година тимът да направи 0:0 със Славия София у дома. След срещата бе съобщено, че вторият престой на Стойчо Стоев начело на „орлите“ приключва. Само 3 дни по-рано отборът бе направил същия резултат със словенския Марибор в първи плеойф за влизане в групите на Лига Европа. Стоев бе наследен от своя помощник Станислав Генчев. И сякаш всичко за младия специалист вървеше по мед и масло. Освен че с резултат 2:2 като гост на Марибор в своя дебют той вкара разградчани отново в групите на Лига Европа, успехите в Първа лига идваха един след друг – до общо 10 поредни. Бяха победени Ботев Враца (1:0), Етър Велико Търново (2:0), Арда Кърджали (2:0), Дунав Русе (1:0), Левски София (2:0), Ботев Пловдив (1:0), Царско село София (2:0), Берое Стара Загора (3:1), Витоша Бистрица (1:0) и Локомотив Пловдив (2:1). Особено важни бяха трите точки над „сините“, спечелени на 6 октомври 2019 година след попадения на Мавис Чибота и Клаудиу Кешерю. Както и над „смърфовете“ – на 23 ноември 2019 година. Тогава Ален Ожболт изведе пловдивчани напред в резултата, но до пълния обрат се стигна след попадения на Марселиньо и Джоди Лукоки. Преди този мач Локомотив Пловдив бе втори в класирането с 36 точки, докато шампионите бяха лидери с 42.
Серията от победи бе прекъсната на 1 декември 2019 година – 0:0 срещу ЦСКА София на „Българска армия“. Срещата се игра само 3 дни, след като „орлите“ стигнаха до важно 1:1 като гост на ЦСКА Москва в руската столица. До края на годината Лудогорец не успя да запише успех на домашната сцена – 1:1 с Черно море в Разград и 1:1 със Славия в София, след изравнителен гол на Димитър Велковски в 94-ата минута. При това положение „зелените“ зимуваха със 7 точки преднина пред втория Левски София.
Още преди настъпването на Нова година – на 16 декември 2019 година, от клуба обявиха, че от 1 януари 2020 година отборът ще има нов треньор – чехът Павел Върба, като в неговия екип влиза и досегашният наставник Станислав Генчев. Върба е наистина голямо име. Той бе избиран цели 8 пъти за най-добър треньор в Чехия. Преди това е извеждал до титлата на Словакия Жилина. А е и най-успешният наставник в историята на Виктория Пилзен, които води в два периода – от 8 октомври 2008 до 15 декември 2013 г. и от 1 юли 2017 до 17 декември 2019 г. С тях има спечелени 3 титли на Чехия и може би по-важното – бе класирал Виктория Пилзен цели 3 пъти в груповата фаза на Шампионската лига (2011/12, 2013/14 и 2018/19). Освен това е бил и национален селекционер на Чехия, като участва на Евро 2016. Върба имаше опит и в руската Премиерлига, водейки тима на Анжи Махачкала. Самият факт, че шефовете на Лудогорец поканиха специалист от ранга на Върба, а и той прие офертата на клуба, бе показателен за високото ниво на клуба. При трансферите нямаше напуснали основни фигури. Тръгна си резервният вратар Хорхе Броун, който подписа с тима на великия Диего Марадона – Химнасия Ла Плата. Директно от Първа Бундеслига, или по-конкретно от Падерборн, пък бе привлечен Каули Оливейра. Голямата новина, що се отнася до кадровия потенциал, бе свързана със завръщането в игра на Владислав Стоянов. Легендарният вратар се възстанови от рядка контузия – скъсано патерално сухожилие, заради което бе извън терените около 2 години и 8 месеца. Той се върна в игра за втория тим в мач от Втора лига срещу Хебър, игран на 9 ноември 2019 година. След това Стоянов проведе пълноценна зимна подготовка и водеше битка за титулярно място със своя добър приятел Пламен Илиев.
В България Павел Върба започна с разгромен успех с 6:0 над Ботев Враца в Разград. Още в следващия кръг обаче „орлите“ стъпиха накриво – 1:1 срещу Етър във Велико Търново. Попадението за „болярите“ реализира бившият голмайстор на Лудогорец Иван Стоянов, а Марселиньо изравни. В този мач гостите удариха 4 греди. На 8 март шампионите пометоха с 5:1 Дунав Русе. А това се оказа и последният им мач за близо 3 месеца напред. Причината – пандемията COVID-19. Тъкмо когато играчите на Павел Върба пътуваха към София за гостуването си на Левски, в България бе обявено извънредно положение. То продължи 2 месеца, а над месец бе извънредната епидиоломогична обстановка. През цялото това време футболистите намалиха заплатите си с 30%, а собствениците на клуба дариха милиони за благотворителност. Клубът пък се раздели по взаимно съгласие с един от важните си играчи в последните сезони – Джоди Лукоки. В крайна сметка БФС и ПФЛ взеха решение сезонът да се доиграе във формулата „2+5“, два кръга от редовния сезон плюс само половината от мачовете от плейофите – 5 срещи. Иначе срещата на „Герена“ се игра на 5 юни 2020 година. Дербито се проведе пред публика, заемаща 30% от капацитета на столичния стадион. А Лудогорец направи поредна крачка към титлата, като победи с 1:0, след невероятен гол на Каули Оливейра, реализиран само 24 секунди след подновяването на играта след почивката. И в този мач титуляр на вратата на „орлите“ бе Владислав Стоянов, който пак не пусна гол на „Герена“. За нещастие другият вратар на „орлите“ Пламен Илиев получи тежка травма на Разпети петък, късайки ахилесово сухожилие. А до болницата в София, където бе опериран, той бе закаран именно от Стоянов, което показа нагледно колко добри са отношенията в Лудогорец.
Иначе отлаганият цели два пъти заради коронавируса мач с Арда Кърджали в крайна сметка се игра на 10 юни 2020 година на стадион „Локомотив“ в пловдивския парк „Лаута“. Срещата завърши 1:1 и по този начин, макар и с равен, тимът на Павел Върба направи поредна крачка към титлата. В последния кръг от редовния сезон Лудогорец направи нов обрат – за успех с 2:1 над Ботев Пловдив. Гостите поведоха чрез Антонио Вутов в края на първата част. След попадения на Вандерсон и Жоржиньо „орлите“ се доближиха на 3 точки от поредното си първо място. Така „зелените“ завършиха редовния сезон без да допуснат загуба.
След като в първия кръг на плейофите ЦСКА София и Левски София направиха 3:3, а Славия победи Локомотив в Пловдив с 1:0, на Лудогорец му трябваше и равен срещу Берое в Разград, за да вдигне Деветата. Но шампионите вдигнаха титлата със стил и успех с 2:1. Алиун Фал вкара за тима, воден от бившия треньор на „орлите“ Димитър Димитров-Херо. Гола на успокоението вкара Каули Оливейра в началото на втората част, а след само 120 секунди Мавис Чибота донесе успеха и 9-ата поредна титла на България! Важно е да се отбележи, че по този начин Лудогорец направи немислимото и изравни вечния рекорд на ЦСКА София, воден от Крум Милев, който вдига 9 поредни злата от 1954 до 1962 г.
Лудогорец получи купата за деветата титла след победата над Левски с 3:0. Преди мача големият Марселиньо бе изпратен от публиката и съотборниците си след девет години в Разград.
В евротурнирите Лудогорец отново изигра рекордните 16 мача. След провала срещу Ференцварош в първия предварителен кръг на Шампионската лига отборът се вдигна и влезе в групите на Лига Европа, където изигра страхотни пабове и победи с 5:1 ЦСКА Москва и 3:0 Ференцварош в Будапеща. В крайна сметка отборът стигна до 1/16 финалите, където бе отстранен от Интер.
Колкото до турнира за Купата на България, там Лудогорец отпадна на 1/4-финалите от Левски. Преди това бяха отстранени втородивизионните Нефтохимик Бургас и Септември София. На „Герена“ съставът на Павел Върба бе по-добрият, но Драгош Григоре изпусна дузпа в 90-ата минута. Последваха продължения, в които не падна гол, като срещата завърши 0:0 и се стигна до дузпи. Там играчите на двата тима бяха безгрешни, но Мавис Чибота не уцели вратата и „орлите“ отпаднаха. В този мач, игран на 5 март 2020 година, на вратата на Лудогорец се завърна Владислав Стоянов, който пази за пръв път в официален двубой на първия тим от 18 март 2017 година.