През сезон 2013/14 Лудогорец е истинският хегемон в българския клубен футбол. "Орлите" узаконяват третата си поредна шампионска титла два кръга преди края, на 7 май 2014, година след победа над Локомотив (Пловдив) с 1-0 на стадион "Лудогорец Арена". Шампионското попадение вкарва голмайсторът Роман Безяк в 9-ата минута.
На 15 май 2014 година Лудогорец постига Златен дубъл (втори такъв след влизането в А ПФГ), след като печели финала в турнира за купата на България срещу Ботев (Пловдив) с 1-0 след гол на Роман Безяк в 60-ата минута. Мачът се играе на стадион "Лазур" в Бургас.
Лудогорец е в Група Б на турнира Лига Европа през сезон 2013/2014, където са още ПСВ Айндховен, Динамо (Загреб) и Черноморец (Одеса). "Орлите" влизат в групите, след като отпадат от плейофа на Шампионската лига, където са отстранени от Базел. В дебютния си мач в тази надпревара на 19 септември 2013 г. Лудогорец постига успех, побеждавайки холандския гранд ПСВ Айндховен с 2-0 в Айндховен. Победата поставя Лудогорец временно на първо място в групата. В следващия си мач Лудогорец побеждава и Динамо (Загреб) с 3:0 в груповата фаза на Лига Европа, а мачът се играе на Националния стадион „Васил Левски“ на 3 октомври 2013 г. На 24 октомври 2013 г. отборът продължава и с победа с 1-0 над Черноморец като гост в Одеса с гол на Златински в 45-та минута. По този начин Лудогорец става едноличен лидер в Група Б с актив от 9 точки, с 5 повече от ПСВ Айднховен.
Лудогорец изиграва четвъртия си мач от груповата фаза на Лига Европа на 7 ноември 2013 г. като записва равенство 1:1 с Черноморец (Одеса) в София. По този начин тимът стига до номер 32 в клубната ранглиста на УЕФА за сезона. Разградският отбор натрупва 7,775 точки по критериите на евроцентралата. На 28 ноември 2013 г. Лудогорец си осигурява и първото място в групата след втора победа с 2-0 над холандския ПСВ Айндовен. След тази победа клубът изпреварва Левски в ранглистата на УЕФА, като разградчани заемат 135 позиция от 453 отбора, докато ''сините'' се намират на 145 място . В последния двубой в груповата фаза на Лига Европа Лудогорец се реабилитира напълно за миналогодишната загуба след 2-1 над хърватския шампион Динамо на стадион Максимир в Загреб.
Така Лудогорец става първия български отбор, печелил футболна среща на хърватска земя. Жребият за 1/16 финалите на 16 декември 2013 г. отрежда Лудогорец да играе с носителя на Купата на Италия Лацио. Първият мач е на 20 февруари 2014 г. в Рим и Лудогорец изненадващо печели с 1:0. Точен за "орлите" от Разград е Роман Безяк в 44-ата минута, а реваншът е на 27 февруари 2014 г. В София се получава зрелищен мач като Лацио повеждат с 2-0, но в крайна сметка срещата завършва наравно 3-3. Този резултат класира Лудогорец на осминафиналите срещу отбора на Валенсия. В първата среща от 1/8-финалите на 13 март 2014 г. Лудогорец губи с 0-3 на препълнения Национален стадион "Васил Левски" в София,след като Роман Безяк пропуска дузпа за „орлите“ . Реваншът на 20 март 2014 г. на "Местая" Лудогорец губи с 1-0 и така приключва участието си в турнира за този сезон.